1978年6月3日，楚雄州革命委员会发出（1978）32号文件，批准成立“楚雄彝族自治州中医院”，征用楚雄市鹿城西路州良种场蔬菜队部分土地作院址，开始建院筹备工作。

　　1978年10月6日，中共楚雄州中医院党支部成立。

　　1979年3月15日，楚雄彝族自治州中医院正式挂牌开诊。

　　1982年12月1日，建筑面积1669平方米的门诊大楼竣工投入使用。

　　1984年1月13日，中共楚雄州中医院党总支委员会成立。

　　1984年9月10日，建筑面积27,744.33平方米的住院部大楼竣工交付使用。

　　1988年12月，医院被卫生部表彰为“全国卫生文明建设先进集体”。

　　1988年12月30日，云南省卫生厅授予我院“文明中医院”称号。

　　1991年10月5日，医院被云南省卫生厅表彰为“云南省卫生系统先进集体”。

　　1994年7月13日，建筑面积2360平方米的新门诊大楼正式投入使用。

　　1994年8月1日，医院成为“云南中医学院教学医院”。

　　1995年9月5-8日，医院顺利通过省卫生厅等级医院评审组考评验收，正式命名为三级乙等中医医院。

　　1995年9月18日，州府通（1995）26号《关于州工业学校搬迁问题的决议》，无偿划拨10亩土地给我院，医院进行第二次扩建。

　　1997年9月1日，新住院大楼（现六号楼东面）投入使用。

　　1997年8月、1998年8月、2001年8月，三次“紫溪会议”，总结了以往中医发展的经验教训，摒弃了一些教条主义的思想束缚，打破禁锢医院发展的精神桎梏，明确了办院方向、工作思路和服务宗旨，医院走上了健康发展的快车道。

　　2001年11月，医院成为昆明医科大学第二附属医院楚雄指导医院。

　　2002年4月23日，根据州人民政府2002年第十八期会议纪要精神，州财政局《关于无偿划拨房产的通知》（楚财行〔2002〕12号），将州建设局北浦路341号临街框架结构六层办公楼一幢，建筑面积2117.25平方米房产无偿划拨给医院使用，改造后挂牌成立了楚雄市北浦社区卫生服务中心。

　　2002年8月，医院成为中国中医科学院骨伤科研究所楚雄协作医院。

　　2002年9月19日，经楚雄州卫生局批准，报经省卫生厅同意，楚雄州创伤急救治疗中心在楚雄州中医院成立。

　　2003年11月23日，经云南省机构编制委员会办公室和云南省卫生厅批准，组建为云南省彝医医院、云南省彝族医药研究所。

　　2005年１月，医院被省卫生厅命名为“云南省医德医风示范医院”。

　　2005年5月23日，建筑面积8460平方米的医技综合楼（现七号楼）竣工投入使用。

　　2007年1月29日，医院组建内刊编委会，开始编印连续性内部出版物《杏林之声》双月刊。

　　2007年6月20日，国家中医药管理局、国家民族事务委员会授予云南省彝族医药研究“全国民族医药工作先进集体”称号。

　　2007年10月25日，中共楚雄州中医院委员会成立。

　　2008年1月2日，人事部、卫生部、国家中医药管理局授予楚雄彝族自治州中医医院“全国卫生系统先进集体”荣誉称号。

　　2008年12月30日，州人民政府国有资产监督管理委员会《关于州工业学校房地产权划归州中医院管理的通知》（楚国资〔2008〕87号），将昆明理工大学楚雄应用技术学院土地面积34276.55平方米，房屋建筑物18140.02平方米的资产管理使用权无偿划归州中医院（云南省彝医医院）使用，医院进行第三次扩建。

　　2009年5月9日，医院成为云南中医学院非直属附属彝医医院。

　　2010年11月10日，建筑面积12971平方米的特色专科大楼（现五号楼）正式投入使用，新增病床280张。

　　2011年5月21日，由原州工业学校教学楼改造的门诊楼（现一号楼）正式投入使用。

　　2011年6月29日，医院党委被中共云南省委表彰为“全省先进基层党组织”。

　　2011年7月1日，由原州工业学校图书馆改造的行政和彝药研究所办公楼正式投入使用。

　　2012年7月18-20日，国家中医药管理局三级中医医院等级评审专家组成员一行18人，按照国家中医药管理局三级中医医院的评审标准，对我院进行三级中医医院等级评审检查验收工作。

　　2011年11月11日，医院被中共楚雄州委、州人民政府授予“文明单位”称号。

　　2012年9月，医院被中共云南州委、省人民政府授予“文明单位”称号。

　　2012年12月13日，“彝医药（彝医水膏药疗法）”被国务院列为第三批国家级非物质文化遗产名录。

　　2013年1月7日，国家中医药管理局正式命名我院为三级甲等中医医院。

　　2014年11月，医院被省人社厅、省卫计委、省食药监局表彰为“全省中医药工作先进集体”。

　　2015年6月16日，经云南省卫生计生委批准，楚雄州中医医院病床编制增加到1000张。

　　2015年10月10日，医院被中共云南省委、云南省人民政府授予“文明单位”。

　　2016年4月28日，云南省彝医医院被国家中医药管理局命名为“全国重点民族医医院”。

　　2016年6月19日，云南省彝医医院被中国民族医药学会授予 “全国彝医药标准化研究推广基地”。

　　2016年8月2日，楚雄州中彝医医疗集团成立，全州所有公立医疗机构均为成员单位，楚雄州中医医院是楚雄州中彝医医疗集团依托医院，全面开启中彝医药事业发展新征程。